В военное и послевоенное время в историю музея были вписаны трагические страницы. В ночь с шестнадцатого на семнадцатое декабря 1941 года музей заполыхал, и сгорел полностью. Но уже в 1942 году сразу после освобождения района от врага началась работа по восстановлению музея. Директор Мария Ивановна Шалепина, сменившая репрессированного в 1937 году Б.Грузинова, делает запрос на разрешение въезда в Рузский район научному сотруднику музея Сергею Алексеевичу Карзину.
Это было время второго возрождения музея. 7 декабря 1942 года музей вновь начинает работать. Ему выделяют две небольшие комнатки в Доме пионеров (в настоящее время - Центр детского творчества). С нуля формировались основные фонды, делались описи учета ущерба и убытков народному хозяйству в результате оккупации, собирались трофеи и документы Великой Отечественной войны, проводилась колоссальная пропагандистская деятельность. И вот организована первая выставка «Рузский район во время оккупации».
27 июня 1943 года составляется Акт об ущербе, причиненном фашистскими захватчиками и их сообщниками Рузского краеведческого музея, находящемуся в гор. Рузе Московской обл. «Городок». Тогда же в музее начинают работать различные кружки, организуется бюро краеведения, активизируется работа по выявлению архитектурных и археологических памятников, а также мероприятия по взятию на учет братских могил и памятных мест. Новой темой в работе музея звучит популяризация знаний о лекарственных растения и освещение этих материалов в печати и по радио.
За первую половину 1943 года музей посетили 326 человек, проведено несколько экскурсий с общим числом экскурсантов7о человек. Из многочисленных проблем этого периода главными можно назвать отсутствие своего постоянного помещения и прекратившееся в 1957 году финансирование. Все оставшиеся фонды были переданы в Истринский краеведческий музей, многие из экспонатов по разным причинам уже не возвратились.